/usr/local/mysql/var/localhost.localdomain.err
を参照すると，下記のようなエラーが出てた
Fatal error: Can't open privilege tables: Table 'mysql.host' doesn't exist
データベースの内部データを初期化せずに実行しようとしてたため，
色々な設定ファイルが作成されていなかった．
ので，
$ /usr/local/mysql/bin/mysql_install_db --user=mysql
をやったら普通に直った．
